Дарвиновский музей создан в 1907 году.
Основатель и бессменный директор Дарвиновского музея до 1964 года был доктор биологических наук, профессор Александр Федорович Котс. Успехи начинающего биолога и таксидермиста не были случайными. Решающую роль, несомненно, сыграло знакомство с Фёдором Карловичем Лоренцом (1842 — 1909) — известным зоологом-систематиком и владельцем лучшей таксидермической фирмы Москвы. Чучела, изготовленные опытными мастерами этой фирмы, отличались высоким качеством, динамичными и естественными позами. Именно поэтому их так охотно покупали все крупные зоологические музеи Европы. Александр Котс не только учился у опытных препараторов фирмы Ф.К. Лоренца, но и использовал любой шанс для пополнения своей домашней коллекции. Он загорелся идеей создать музей, пропагандирующий основы эволюционного учения. Было ясно, что новый музей должен сплавить в единое целое два творческих начала - теоретические знания и их наглядное подтверждение. В 1907 году Александр Котс был приглашен на московские Высшие женские курсы для ведения практических занятий по анатомии животных, а несколько позже молодому преподавателю доверили чтение лекций по дарвинизму. Из тесной квартиры коллекция перебралась в зоологическую лабораторию курсов. Молодая аудитория с вниманием и благодарностью встречала увлеченного лектора. Определилось и новое направление комплектования музея. А.Ф.Котс писал, что коллекции “объединялись по отдельным главам эволюционного учения: географическая, возрастная и персональная изменчивость, приспособления, менделизм, ламаркизм, происхождение человека...”.
Даже в суровые годы революции и гражданской войны, полные смятения, террора, голода и холода, сотрудники музея не прерывали своей работы.
Судьба музея и его основателя удивительны. Коллекции росли, со временем экспозиционные залы музея стали напоминать переполненные фондохранилища. Однако ждать новых стен музею пришлось очень долго. Лишь в 1995 году сбылась заветная мечта основателя и многих поколений сотрудников: Дарвиновский музей обрел собственное здание и распахнул двери перед своими гостями.
